​A. Các tổ chức giúp việc Giám đốc Sở:

- Văn phòng Sở.

- Thanh tra Sở.

- Phòng Kế hoạch - Tài chính.

- Phòng Quản lý Kết cấu hạ tầng giao thông.

- Phòng Quản lý chất lượng công trình giao thông.

- Phòng Quản lý Vận tải, phương tiện và người lái.

- Phòng Pháp chế - An toàn.

B. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Sở:

- Ban quản lý bến xe bến sông.

- Trường trung cấp nghề giao thông vận tải.

- Trung tâm đăng kiểm xe cơ giới.

- Trạm kiểm tra tải trọng xe.

- Ban quản lý và bảo trì đường bộ.​